Дослідження в Інституті проводяться науковими відділеннями під координаційним супроводом Вченої ради Інституту.

Напрями досліджень визначаються стратегічною платформою інноваційного розвитку АПК і спрямовані на:

• Поглиблення наукової бази інноваційного провайдингу
• Виконання державної програми НААН щодо створення наукових основ ефективного функціонування та інноваційно-інвестиційного розвитку аграрної науки в конкурентних умовах міжнародної інтеграції
• Реалізації програми ринкових досліджень щодо створення та інноваційно-інвестиційно-інтеграційного розвитку ринку технологій в аграрному секторі економіки
• Реалізації програми підготовки наукових кадрів для дослідницької і експертної діяльності в сфері економіки знань, трансферу наукоємних технологій, виробництва та реалізації інноваційної продукції на засадах венчурного підприємництва.

Відділення інноваційної економіки

• Здійснює стратегічні дослідження та створення моделі і механізмів розвитку наукоємної сфери, формує комплекс інтелектуальних прав (франшизу) Агротехнополіс та реалізує її за договорами комерційної концесії (франчайзингу)
• Проводить фундаментальні дослідження інституціональної бази наукоємної сфери, створює ефективні моделі інноваційного розвитку аграрної науки, реалізації її інноваційного потенціалу
• Проводить фундаментальні дослідження кластерних моделей інноваційного бізнесу, створення консалтингового інструментарію, залучення інвестицій в проекти інноваційного розвитку  

Відділення інноваційної агробіології

• Здійснює повний комплекс досліджень інноваційного потенціалу науково-виробничої бази і науково-технічних розробок НДУ
• Досліджує кон’юнктуру наукоємного ринку технологій, прогнозний аналіз та технологічне передбачення розвитку
• Формує технологічні пакети комерційних пропозицій наукових установ та досліджує умови їх ринкового трансферу  

Відділення інноваційного провайдингу

• Здійснює повний комплекс досліджень щодо формування виробничої бази інноваційних бізнес-кластерів
• Досліджує ринок наукоємної і товарної продукції підвищеного попиту, визначає умови для формування портфелю замовлень для кластерних агротехнобізнесформувань
• Проводить моніторинг діяльності галузевих і територіальних агротехнобізнескластерів з освоєння та випуску наукоємної і суміжної товарної продукції