Інститут є товариством, яке складається з корпоративного та виконавчого органів управління, наукових відділень і наукової трансферної мережі.

Організаційна структура Інституту

Корпоративним органом управління Інституту є загальні збори засновників, які формують статутний та операційні фонди, утворюють комплекс прав (франшизу) Агротехнополіс, створюють і визначають умови діяльності виконавчого органу Інституту.

Виконавчим органом Інституту є Дирекція, яку очолює директор Інституту. Директор одноособово приймає всі рішення щодо діяльності Інституту крім питань, які відносяться до компетенції загальних зборів засновників.

Директору підпорядковані:

- виконавча служба Інституту (адміністративно-фінансовий підрозділ);

- секретаріат Інституту (вчена, науково-технічна та спеціалізовані ради).

Директором контролюється діяльність наукових відділень інституту; координацію програм досліджень і розробок здійснюють ради відділень за напрямами: економіка, біологія, виробництво.

Практичну реалізацію результатів досліджень підрозділами Інституту здійснюють через мережу інноваційних бізнес-інкубаторів, трансферних центрів і бізнес-кластерів, які утворюють паркову трансферно-технологічну інфраструктуру.