Основними видами діяльності Інституту є наукова і консалтингова, які регулюються функціональним і цільовим менеджментом.

Функціональний менеджмент здійснюється дирекцією Інституту з врахуванням особливостей статусу наукової організації, що атестована і користується підтримкою держави, а також статусу господарського товариства, що є суб'єктом підприємницької діяльності і має приватних власників.

Функціональний менеджмент створює граничні умови адміністративно-фінансового регулювання, за якими діють наукові відділення і трансферна мережа.

Наукові відділення працюють за цільовими програмами в автономному режимі. Наукові напрями визначаються радами відділень і затверджуються Вченою радою Інституту. Дослідницьку роботу здійснюють відділи і лабораторії Інституту, до складу яких входять штатні працівники і залучені за договорами експерти. Дирекція здійснює контроль виконання цільових завдань штатом Інституту через діючі в установі правила внутрішнього розпорядку і діловодства.

Виконання державних програм наукових досліджень, за якими Інститут визначено головною установою, забезпечують координаційно-методичні ради відповідних програм.

Управління консалтинговою діяльністю Інституту з ринкового впровадження власних і спільних розробок здійснюється через органи управління суб'єктів трансферно-технологічної інфраструктури, в створенні яких приймає участь Інститут.

Наукові програми (проекти) виконуються на умовах госпрозрахунку. Оцінка робіт та їх оплата здійснюються по кінцевому результату за програмно-цільовим методом.

Наукова та консалтингова діяльність Інституту ґрунтується на науковій базі економічних і біологічних досліджень, результати яких мають інноваційний потенціал і можуть бути впроваджені в високотехнологічне виробництво інноваційної продукції. Теоретичною основою методологічних досліджень та прикладних розробок установи є функціональна система інноваційного провайдингу щодо новостворень і нововведень на підприємницьких засадах і і новітніх досягнень інноваційної біоекономіки.