Інститут здійснює свою наукову діяльність в тісній співпраці з провідними державними і недержавними організаціями переважно аграрної сфери, а також сфери інтелектуального бізнесу, інноваційної інфраструктури наукоємного ринку, міжнародними дослідницькими центрами з питань біотехнологій і біоресурсів.
Особливий статус надає Інституту державна атестація Національної академії аграрних наук України, в сфері координації якої Інститут виконує програми фундаментальних і прикладних досліджень з питань інноваційних перетворень аграрної науки та інноваційно-інвестиційного розвитку АПК. Інститут є головною установою НААН України за программою наукових досліджень, реалізація завдань якої здійснюється відповідно державного замовлення на створення науково-технічної продукції за п’ятирічними планами.
Прикладні дослідження здійснюються Інститутом на замовлення міністерств аграрної політики та продовольства, економічного розвитку і торгівлі, освіти і науки, інших відомств, державних і недержавних структур за тематикою, сформованою за актуальними проблемами економічного розвитку на тендерних засадах.
Інститут співпрацює з науковими установами НААН України, Національної академії наук України, Національної академії правових наук України, іншими науковими установами , а також приватними дослідницькими інститутами за відповідними напрямами спільних досліджень.
Інститут працює з дослідницькими, навчальними і інноваційними центрами Національного технічного університету України «Київський політехнічний інститут», Національного університету біоресурсів і природокористування, Національного університету ім. Т.Г. Шевченка, іншими вищими навчальними закладами по спільних дисертаційних дослідженнях, магістерських і бакалаврських роботах, експертних дослідженнях, розробок та проектів науково-інноваційного спрямування.
Інститут є акредитованою установою в Мінагрополітики та продовольства з питань експертизи та супроводу інноваційно-інвестиційних проектів з актуальних проблем розвитку АПК, яким надається підтримка держави, а також Міносвіти і науки з питань розвитку в Україні трансферно-технологічної інфраструктури, зокрема, наукових і індустріальних парків, інноваційних центрів, бізнес-інкубаторів, технологічних кластерів і мереж. Фахівці Інституту залучаються до участі в експертних групах Верховної Ради України, Кабінету Міністрів України, міжнародних місій і проектів.